De nombreux cliniciens estiment que les grandes lésions apicales – parfois déjà à partir d’un diamètre inférieur ou égal 1 cm – devraient être traitées chirurgicalement, puisque la taille de la lésion suggère qu’il s'agit d’un kyste qui ne peut pas être contrôlé de façon conventionnelle. Cependant, d’après Nair (1996), 9 % seulement de ces lésions sont de véritables kystes radiculaires.  

Après le traitement chirurgical des grandes lésions d’origine endodontique, il est difficile d’obtenir une bonne cicatrisation osseuse. Parfois, on obtient seulement une guérison par du tissu fibro-cicatriciel (scar tissue healing, classification de Rud et Molven). En conséquence de la procédure chirurgicale, et même après la pose d’une membrane, la guérison osseuse ad integrum n’est pas toujours obtenue.

Aujourd’hui, le traitement chirurgical primaire de ces lésions n’est pas indiqué du point de vue endodontologique, car nous savons maintenant qu’elles peuvent être traitées, en grande partie, par un traitement radiculaire conventionnel purement orthograde (par voie coronaire). Les taux de succès à long terme sont de l’ordre de 80 à 90 % (Cali?kan 2004 ; Santos et coll. 2016). En raison de la taille de la lésion, il faudra peut-être un peu plus de temps pour que la réossification soit complète, mais ce sera une restitution ad integrum.

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